1954年1月,经省政府批准(吉人工字第9号),成立吉林省人民政府民族事务委员会,下设办公室。　

1954年2月,更名为“吉林省民族事务委员会”。　

1968年1月,“文革”期间被取消。　

1978年4月,经省革委会批准正式恢复吉林省民族事务委员会(吉革发[1978]78号),内设机构5个:秘书处、宗教处、一处、二处、三处。

1991年7月,经省编委批准(吉编行字[1991]150号),省宗教事务局由原来的民族事务委员会归口管理改为省政府直接领导,比照副厅级机构待遇。

1994年8月,经省政府批准(吉政办发[1994]75号),省民族事务委员会与省政府宗教事务局一个机构,两块牌子,是省政府主管民族宗教工作的职能部门。内设机构7个:办公室、政法处、经济处、文教处(吉林省人民政府少数民族语文工作办公室)、宣传处、宗教事务处、人事监察处,设机关党委(不在内设机构之列,下同)。

2000年7月,经省政府批准(吉政办发[2000]35号),吉林省民族事务委员会(吉林省宗教事务局)为主管民族宗教的省政府组成部门。内设机构7个:办公室、政策法规处、经济发展处、文教宣传处(东北三省朝鲜语文协作领导小组办公室、吉林省人民政府少数民族语言文字工作办公室)、宗教事务一处、宗教事务二处、人事监察处,设机关党委。

2002年5月,经省机构编制委员会办公室批准(吉编办[2002]82号),增设宗教综合处。

2004年6月,经省政府批准(吉政办发[2004]30号),对省民委(宗教局)内设机构进行调整,增设宗教事务三处。

2007年8月,经省机构编制委员会办公室批准(吉编办[2007]220号),单独设立省少数民族语言文字工作办公室,加挂东北三省朝鲜语文协作领导小组办公室的牌子。

2009年3月,经省政府批准(吉政办发[2009]16号),在法规处加挂监督检查处牌子,确定委(局)内设机构10个:办公室、法规处(监督检查处)、经济发展处、文教科技处、省少数民族语言文字工作办公室(东北三省朝鲜语文协作领导小组办公室)、宗教综合处、宗教一处、宗教二处、宗教三处、人事处、设机关党委。

2011年3月,经省机构编制委员会办公室批准(吉编办[2011]86号),调整省民委(宗教局)内设机构,撤销宗教综合处,单独设立监督检查处。

2014年5月,经省机构编制委员会办公室批准(吉编办[2014]47号),增设朝鲜语文协作处,少数民族语言文字办公室不再加挂东北三省朝鲜语文协作领导小组办公室牌子。

调整后,省民委(宗教局)内设机构11个:办公室、法规处、监督检查处、经济发展处、文教科技处、省少数民族语言文字工作办公室、朝鲜语文协作处、宗教一处、宗教二处、宗教三处、人事处,设机关党委。

2018年12月，经省委办公厅批准（吉厅字[2018]68号），对省民委（宗教局）机构定性调整为“吉林省民族事务委员会（吉林省宗教事务局）是省政府组成部门，为正厅级，归口省委统战部领导”。